故事主角是一个名叫小智的男孩，今年刚满十岁，住在真新镇中，与母亲相依为命。原来在那里，任何人只要一满十岁，就可以获得小魔怪使用执照，并从小魔怪学家大木博士手中领取一只小魔怪。小智为了要成为一流的小魔怪指导员而必须踏上修行的旅程接受考验。不料出发的当天，小智却因睡懒觉而误了时间，比其它晚了一岁。好不容易从博士那里领来没人要的「皮卡丘」，谁知「皮卡丘」却难以照料又特别固执。但在与烈雀的战争中，小智终于和「皮卡丘」建立起珍贵的友谊，并击退了烈雀，但「皮卡丘」却受了重伤．．